Muitos usuários passam por este problema: ao buscar o arquivo .htaccess no servidor para realizar uma atualização, como por exemplo incluir novas URL’s amigáveis, simplesmente não encontram o arquivo no diretório raiz do seu site.
Neste caso, o que pode ser feito é configurar o seu programa de FTP para exibir todos os arquivos ocultos.
Se você utiliza o FileZilla, clique no menu Servidor, e depois em Forçar a mostra de arquivos ocultos, conforme imagem abaixo.
Agora sim, você terá acesso ao arquivo e poderá fazer os reajustes necessários.